偷偷亲子鉴定是指避免父母或第三者的直接参与，维护亲子双方的私隐，只进行由被鉴测的子女双方的比对，以确认血缘关系的一种技术。在民事诉讼中，允许偷偷亲子鉴定的情况有：一是被诉亲子血缘关系的确认， 二是出生父母确认的变更和更正，三是二期鉴定案件，即双亲
，以确认身份的情况。
采样方法有多种，如草药内生物物质，贝叶斯基因组学等。常用的采样方法有全血采样，血液或肺组织细胞采样，口腔采样，唾液采样，血型采样等。采样方法也取决于正在进行亲子关系鉴定的项目。例如，在唾液采样中，如果双方均接受了唾液采样，可以鉴定出18条染色体的亲子关系，但仅有一方的唾液采样可以确定9条染色体的亲子关系。另外，还可用分子遗传学技术分析家系继承关系。
偷偷亲子鉴定是指在家庭没有法定保护下，父亲或母亲的确认，没有参加鉴定的结果，却可以有效，可靠的取得关系的认定结果。
一般来讲，只有在查明正规法律程序无法取得血缘关系确认的，遗传学检测方法的结果可取代法定程序结果的情况下，才允许偷偷亲子鉴定。
通常，偷偷亲子鉴定要求在不破坏受检人或受检者家庭正常状态及社会关系的前提下对其进行采样。采样需要属于隐私保护的，具有安全性及灵敏度的方法，比如采集口腔拭子、汗液等物质，还可利用现代高科技产品，比如分子指纹等。要实现亲子关系的证明，并不一定非要采样本人的DNA样本，可以采取其他方法，例如采集受检人的直系亲属的DNA样本，就可以对亲子关系进行安全测定。
关于允许的情况：在法律层面，所谓“偷偷”亲子鉴定通常指个人隐私亲子鉴定。这种情况允许在当事人不知情的情况下进行，前提是委托人仅为了行使个人知情权，即消除内心疑虑或确认亲缘关系。此类鉴定全程保密，无需实名，且结果不具备法律效力，严禁用于司法诉讼、户籍登记或移民等官方用途。只要不违背公序良俗且仅用于私下了解，鉴定机构一般会受理此类匿名委托。
关于采样方法：针对隐蔽采样的需求，常见的方法包括：带毛囊的头发，需拔取至少5根根部带有清晰白色毛囊的头发；烟头，收集被鉴定人近期抽过的烟蒂，避免触碰烟嘴处；牙刷，选取被鉴定人单独使用超过一个月的牙刷；指甲，剪下贴近手指边缘的指甲碎屑。此外，口香糖、精斑、血痕或剪下的胡茬等含有口腔脱落细胞或人体组织的物品均可作为样本。采集过程中必须严格佩戴手套，防止样本污染，并确保样本干燥保存。
